Кардинал Боргезе был особенно большим поклонником Бернини и Караваджо, и работы обоих художников остаются важной частью нынешней коллекции. Большинство работ были подарены, куплены или заказаны, некоторые произведения искусства были приобретены менее почетными способами (украдены, конфискованы и т.п.).
К концу своей жизни кардиналу удалось собрать огромную коллекцию предметов искусства. Позаботился он и о том, чтобы все осталось в сохранности после его смерти. По завещанию, оставленному Боргезе, коллекцию нельзя было разделять, она должна переходить по наследству полностью.
Следить же за этим была призвана, созданная для только для этих целей, комиссия. Но история распорядилась так, что воля Боргезе не была исполнена полностью.
- Во-первых, некоторые экспонаты исчезали во время передела наследства, и больше никто их не видел.
- Во-вторых, значительно поредела коллекция во времена вторжения Наполеона в Италию. Один из представителей семьи Боргезе стал мужем сестры Наполеона и подарил своему влиятельному родственнику несколько сотен шедевров, которые сегодня находятся в Париже в качестве коллекции Боргезе в Лувре.
В 1902 году музей, а также сады и парки были проданы итальянскому правительству. В 1903 году он был открыт как нынешняя Галерея Боргезе.